Na rynku oprogramowania znajduje się obecnie wiele systemów do komputerowego wspomagania analizy obrazu. Przykładami mogą być chociażby oprogramowania dostarczane przez firmy Carl Zeiss, Olympus, Huvitz, czy Opta-Tech wraz ze sprzętem optycznym. Stosowane w praktyce systemy często ukierunkowane są na wizualizację, akwizycję, zarządzanie, archiwizację, przetwarzanie i analizę obrazów, ze szczególnym uwzględnieniem funkcji pomiarowych. Programy tego typu mogą znajdować zastosowanie jako element składowy komputerowego systemu pomiarowego, wszędzie tam gdzie występuje konieczność dokonywania analiz planimetrycznych, stereometrycznych, histochemicznych oraz monitoringu i analizy kształtu na obiektach zapisanych w postaci obrazów cyfrowych. Kolejną grupą oprogramowania służącego do analizy obrazu są modele automatycznego lokalizowania i rozpoznawania obiektów. Przykładem jest system bazujący na metodach uczenia głębokiego sieci neuronowych np. YOLO. Wspomniane systemy oprogramowania służą między innymi do pracy w laboratorium przy badaniach bioindykacyjnych, podczas których analizowane są próbki materiału biologicznego pobierane z bioreaktorów z osadem czynnym lub z peryfitonu wód powierzchniowych. Za pomocą oprogramowania do analizy obrazu można łatwiej i szybciej określać liczbę mikroorganizmów znajdujących się w próbkach. Mikroorganizmy zawarte w osadzie czynnym (np. orzęski, wrotki) regulują liczbę bakterii w bioreaktorze. Dzięki sporządzeniu odpowiednich zestawień bazujących na liczebności tych mikroorganizmów można określić skuteczność i stabilność procesów oczyszczania oraz co za tym idzie bezawaryjne i prawidłowe działanie bioreaktorów. Podobnie bazując na informacjach uzyskanych podczas analizy peryfitonu można badać np. wpływ kanalizacji deszczowej na wody odbiornika.